１９５０年 ３月，孝感行政区专员公署卫生科成立。１９６１年 ５月改为孝感行政区专员公署卫生局。１９６９年６月，改为地区革命委员会民政卫生小组。１９７１年 １１月成立地区革命委员会民政卫生科，１９７２年 ６月改为地区革命委员会民政卫生局，同年 １２月民政卫生 “分家”。１９７８年 １０月，卫生局更名为孝感地区行政公署卫生局。１９９３年 ６月，孝感地区卫生局更名为孝感市卫生局。１９％年 ３月，市卫生局改名市卫生医药局。２００１年 ９月，市卫生医药局更名为市卫生局。

１９５０年 ３月至 １９６１年 ５月，孝感地区专员公署卫生科没有设职能科室，只有孝感地区专员公署血吸虫病防治领导小组办公室 （简称：血防办 ）及孝感地区专员公署爱国卫生运动委员会办公室 （简称：爱卫办 ），设在卫生科。１９６１年 ８月卫生局设人事科。１９６３年 ３月，孝感地区专员公署成立计划生育领导小组，在卫生局内设办公室。１９７９年５月，计划生育办公室分出。１９８３年 １０月，计划生育办公室与卫生局合署办公，１９８４年再次分出。１９７３年，卫生局设政工秘书科 （包括人事 ）、医政科 （含医政、药政、防疫）、妇幼卫生科 ３个科。１９９８年底，内设办公室、人事科、医政科、妇幼卫生科、防疫科、老干部科、卫生监督室、纪检监察室等 １２个科室，以及血防办、爱卫办、红十字会办公室。

２００２年，市卫生局完成机关机构改革工作。公务员编制 ３１人，设办公室、规划财务科、医政科、疾病控制科、卫生法制监督科、基层卫生与妇幼保健科、人事科教科、中医管理科 ８个职能科 （室 ）和市委、市政府血吸虫病、地方病防治领导小组办公室 （简称血地办 ）、孝感市爱国卫生运动委员会办公室 （简称爱卫办 ）、孝感市红十字会办公室 ３个市委、市政府议事协调机构。